در هفته‌های اخیر و پس از رسانه‌ای شدن موضوع تخلف سه هزار میلیاردی، انتقادات زیادی به عملکرد بانک مرکزی وارد شده و برخی تلاش داشته بانک مرکزی را مقصر اصلی در این ماجرا معرفی کنند. رییس کل بانک مرکزی نیز بارها با دفاع از مجموعه تحت مدیریت خود به برخی اتهام‌های مطرح شده پاسخ داده است. از جمله این موارد نقش نداشتن بانک مرکزی در انتصاب مدیران بانک‌های اصلی درگیر در این پرونده است. رییس کل بانک مرکزی با اشاره به ساختار دو بانک اعلام کرد: بانک مرکزی در انتصاب و تایید این مدیران هیچ نقشی نداشته است. او پیش از این با اشاره به بحث احراز صلاحیت و برخی اقدامات انجام شده در برنامه پنجم گفت: به دلیل آنکه مدیران حرفه‌ای در راس بانک‌های کشور قرار گیرند در برنامه پنجم قرار شد انتصاب مدیران عامل بانک‌های دولتی پس از تایید بانک مرکزی صورت گیرد.پیش از این رییس مجمع عمومی بانک‌ها که معمولا وزیر اقتصاد است راسا اقدام به نصب یا عزل مدیران بانک‌های دولتی می‌کرد. رییس کل بانک مرکزی روز گذشته در اظهارنظری صریح درباره علل جوسازی‌های اخیر در خصوص بانک مرکزی گفت: ۸۵۰ هزار میلیارد ریال در موسسات مالی بدون مجوز از مردم گرفته می‌شد و با سود ۳۰ و ۳۵ درصد به بازار منتقل می‌شد، ما همه این موسسات را جمع کردیم باید هم برای ما جوسازی بکنند. او پیش از این درباره انتصاب برخی مدیران بانکی‌های دولتی هم اظهار نظر کرده بود: کسان دیگری آنها را انتخاب و تایید کرده‌اند و بانک مرکزی نقشی در انتخاب آنان نداشته است.
اعتراض به نرخ سود
رییس کل بانک مرکزی در بخش دیگری از سخنانش در خصوص کنترل نقدینگی در بازار ارز اظهار کرد: وقتی تورم ۱۸درصد است چرا باید سپرده شش درصدی داشته باشیم. با طلا و ارز نمی‌توان نقدینگی را جمع کرد. وی در عین حال با اشاره به افزایش نرخ سود اوراق مشارکت به ۱۷ درصد گفت: البته این موارد می‌تواند کمک‌کننده باشد، اما انتظار این است که در شرایط کنونی اجازه دهند بانک مرکزی سیاست‌های خود را برای کنترل بازار به کار بندد.
واکنش به تهدید تحریم بانک مرکزی
رییس کل بانک مرکزی در واکنش به تهدید تحریم این بانک عنوان کرد: بانک مرکزی در تمام دنیا مستقل و جدای از دولت است و اگر اینچنین تصمیمی گرفته شود یک تصمیم غیرعادلانه و غیر منطقی قلمداد خواهد شد. بهمنی اظهار کرد:‌ اگر به اسم اینکه می‌خواسته یک اتفاقی بیفتد و به دروغ می‌خواستند یک تروری رخ دهد بگویند ما بانک مرکزی را تحریم کنیم اصلا این موضوع چه ارتباطی به آن یکی دارد. بانک مرکزی در تمام دنیا مستقل است و اصلا جدای دولت و این مسائل محسوب می‌شود. وی ادامه داد:‌ بانک مرکزی مربوط به ملت است یک کشوری که پشتوانه آن ملت باشد تحریم آن اصلا نتیجه نمی‌دهد و اعتقاد دارم بانک جهانی و صندوق بین‌المللی پول اصلا زیر بار این نخواهند رفت و حتما سازمان ملل هم زیربار آن نمی‌رود. بهمنی تصریح کرد: این موضوع یک بحث سیاسی است و از این بحث سیاسی قطعا خیلی کشورها تبعیت نمی‌کنند و این یکی از مواردی می‌شود که تحریم آن موفقیت‌آمیز نخواهد بود. رییس کل بانک مرکزی ایران در پاسخ به این سوال که برای این اقدام سازوکاری نیز وجود دارد، گفت:‌ ما حتما سازوکاری داریم که البته من نباید توضیحات آن را بدهم. سازمان ملل نمی‌تواند و کشورهای دنیا هم هیچوقت تابع یک یا دو کشور نمی‌شوند که اگر یک عده به ناحق کاری کردند، بقیه هم این کار را انجام دهند. وی خاطرنشان کرد: هرگز چنین فکری به ذهن سازمان ملل نخواهد رسید و بانک‌های مرکزی دنیا هم چنین کاری را نمی‌پذیرند. اگر این به عنوان یک تصمیم گرفته شود یک تصمیم غیرعاقلانه، غیرمعقول و غیرمنطقی قلمداد خواهد شد.